医保卡跨省转移余额不会清零，但是医保卡的余额不能够转移。因为目前为止全国的医保没有实现统筹，跨省的变更实质上是将原有的医保账户停止缴纳，到达接收地区后办理新的医保账户，跨省转移医保是指的是转移医疗保险的累计、缴费年限和医保的关系，个人账户余额并不会转移，这是因为余额归属医保卡个人账户，而不是统筹账户。当发生跨省变更时，医保卡不会作废，余额会一直保留在原有个人的医保卡当中。医保卡余额可以用于药店买药，或者是门诊就医结算，只能够在本地区来进行消费。
